Am 29. August 1430 erfolgte die Grundsteinlegung für die St.-Johanniskirche auf der Westseite, um sich mit den Türmen eine letzte Zufluchtsstätte im Kriegs- und Katastrophenfall zu schaffen. Fast 120 Jahre dauerten mit Unterbrechungen die Arbeiten, bis um 1550 die Turmspitzen auf dem gotischen Unterbau gesetzt wurden.

Die Vorhalle der Kirche mit dem Eingang besitzt einen sehr schönen Staffelgiebel in Backsteingotik. Heiligenfiguren und Ornamente bestimmen sein Aussehen.

Besonders wertvoll ist das Kreuzigungsrelief mit einem tiefen Symbolgehalt über dem Eingangsportal.

Die reiche Innenausstattung der spätgotischen Hallenkirche im kunstvollen Stil der Renaissance und des Barock aus dem 17. Jahrhundert gibt dem Kirchenraum nach umfänglichen Restaurierungen heute wieder einen feierlichen Glanz.

Großartig ist der Chorraum gestaltet. Im Blickpunkt der prächtige Hochaltar aus dem Jahre 1664 mit lebensgroßen Darstellungen des gehörnten Mose und Johannes des Täufers, dem Namenspatron unserer Kirche und Gemeinde.

Über dem Auferstehungsbildnis befinden sich das klassische Stadtwappen von Groß Salze und das Wappen des Erzbischofs von Magdeburg.

Evangelistenfiguren und Siegesengel zeugen vom Sieg des Glaubens über die widergöttlichen Mächte der Welt.

Eine Rarität für eine evangelische Kirche sind die beiden Beichtstühle beiderseits vom Altar.

1680 erfolgte der Einbau des Gestühls des adligen Magistrats, auch Ratsherrenstuhl genannt, und der adligen Pfännerschaft. Ein sehenswertes Schnitzwerk stellt auch die Chorschranke dar.

Die zahlreichen Epitaphien, Totenschilder, Wappen und noch erhaltenen Familienstühle erinnern an die einst einflussreichen Familien der Stadt.

Zu den größten Kostbarkeiten der Kirche gehört die reich gestaltete Barockkanzel aus dem Jahr 1678. Sie ruht auf einem vergoldeten Palmenbaum, der wohl den Baum der Erkenntnis des Guten und Bösen im Paradies darstellen soll. Am Aufgang und Kanzelkorb befinden sich reliefhaltige Darstellungen aus dem Leben Jesu, dazwischen Apostelfiguren als Märtyrer der Kirche. Auf dem Schalldeckel verkünden die himmlischen Heerscharen große Freude die Taube als Symbol des Heiligen Geistes lädt zum Hören des gepredigten Wortes ein.

Rechts vom Eingang hängt wohl eines der ältesten und damit wertvollsten Ausstattungsstücke der Kirche: Ein Kruzifix etwa aus dem Jahr 1550. Es stand wahrscheinlich anfangs auf dem Altar im Chorraum.

Mit der Einstellung der Salzgewinnung Ende des 18. Jahrhunderts und dem damit verbundenen Niedergang von Groß Salze begann auch der allmähliche Verfall der Kirche.

Die letzte größere Renovierung erfolgte 1891. 1981 begann mit kirchlichen und staatlichen Mitteln ein umfangreiches Wiederherstellungsprogramm. Durch vielfältiges und jahrzehntelanges Engangement, unter anderem durch den Kirchbauverein Schönebeck-Salzelmen, ist die Pfännerkirche in Salzelmen heute wieder ein ansehnliches Wahrzeichen.